Zkuste použít nějaké drenážní vedení na dně vaší čističky, než vrtat do trubky díry je lépe použít přímo drenážní trubku - prodává se za pár korun metr, a bude stačit průměr 100mm. Podle uložení by se Vám mohlo podařit čistírnu alespoň z části odkalovat, případně i řešit aeraci substrátu nad ní.
Pokud hledáte nějaké schéma, zkuste se podívat na knížku od autorů Šálka a Tlapáka Přírodní způsoby čištění znečištěných povrchových a odpadních vod. Řeší se v ní konstrukce kořenových ČOV (a tudíž i jiné zatížení čističky) ale z hlediska konstrukce právě drenáží na dně vany by to pro Vás mohlo být minimálně inspirativní.
Ještě k Vašemu řešení přepadu-skimmeru. Zkuste za přepad vložit nějakou jednoduchou mechanickou filtraci - na bordel z hladiny (listí, plovoucí nečitoty atd.) Nevím, jak to máte řešené, mohlo by to být nějaké síto, koš, přinejhorším pláty velmi hrubé filtrační pěny. Mohl by jste alespoň z části pochytat trochu organické hmoty, která by nádrž dále zatěžovala.