Píšete, že máte zanesené veškeré trubky - roztoky kysliny citronové jsou asi to nejjednodušší, co se dá použít k šetrnému rozpouštění rzi - používají to restaurátoři a občas to používám taky, k odrezování starého ručního nářadí. To by vysvětlovalo i tu splachovací nádržku - spolu s destrukcí usazenin železa se uvolní i další nečistoty.
Nevím, jakou bazénovou chemii používáte, ale oplachy z filtru běžně obsahují nečistoty zabalené do vysrážených flokulantů - kyselina citronová (a většina jiných kyselin) tohle svinstvo zase z velké části převede do roztoku - původně černá voda plná nerozpuštěných látek se znovu vyjasní, toť vše...
Dávejte si pozor na jednu věc- s některými legurami v oceli (a povrchy ošetřenými niklováním) vytváří citronová kyselina modro-černé soli, někdy je to hodně nežádoucí zabarvení.